1.4 逍遙散治療抑郁癥、乳腺增生和功能性消化不良的共同靶點查詢

利用GeneCards數(shù)據(jù)庫、TTD數(shù)據(jù)庫、DrugBank數(shù)據(jù)庫以及CTD數(shù)據(jù)庫，分別獲取抑郁癥、乳腺增生和功能性消化不良的潛在靶點。將上述數(shù)據(jù)庫查詢到的疾病靶點取交集后，再與逍遙散活性成分所對應(yīng)的靶點取交集，以獲取逍遙散治療抑郁癥、乳腺增生和功能性消化不良的共同作用靶點。將整理搜集到的靶點導(dǎo)入Uniprot數(shù)據(jù)庫中，通過輸入靶點基因名稱列表并限定物種為人，剔除非人源靶點，并將所有的基因校正為其官方名稱（office gene symbol），做后續(xù)分析。

1.5 “單味藥-活性成分-共同靶點”網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建

利用Cytoscape 3.7.1軟件分別構(gòu)建逍遙散治療抑郁癥、乳腺增生和功能性消化不良的“單味藥-活性成分-共同靶點”可視化網(wǎng)絡(luò)。網(wǎng)絡(luò)圖中“節(jié)點（node）”代表逍遙散中活性成分和作用靶點，“邊（edge）”表示活性成分和作用靶點的相互作用關(guān)系。根據(jù)網(wǎng)絡(luò)圖節(jié)點的拓撲性參數(shù)，以度（degree）≥2倍的中位數(shù)為篩選條件，此類數(shù)值越大，說明成為逍遙散“異病同治”的潛在活性成分的可能性就越大。

1.6 關(guān)鍵靶點的查找

將共有靶點導(dǎo)入STRING數(shù)據(jù)庫，構(gòu)建PPI網(wǎng)絡(luò)，篩選關(guān)鍵靶點。并利用Cytoscape 3.7.1軟件的MCODE插件對該網(wǎng)絡(luò)進行聚類分析，尋找核心靶點網(wǎng)絡(luò)。

1.7 通路分析

將逍遙散治療抑郁癥、乳腺增生和功能性消化不良的關(guān)鍵共有靶點導(dǎo)入Metascape數(shù)據(jù)庫，限定物種為人，對逍遙散的直接作用靶標進行KEGG通路富集和GO富集分析。設(shè)定閾值P＜0.05，并根據(jù)P的排序，篩選排名靠前的生物過程或通路。其中，GO富集包括生物過程（biological process），分子功能（molecular function）和細胞組分（cellular component）。

1.8 分子對接驗證

將上述得到的關(guān)鍵活性成分與靶點進行分子對接。應(yīng)用PubChem數(shù)據(jù)庫查找活性成分，并下載其mol2格式，準備對接。在蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫晶體結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫PDB（http://www.rcsb.org）中找到蛋白質(zhì)受體結(jié)構(gòu)。對接模擬前，將所有配體用PyMOL軟件從蛋白受體復(fù)合物中去除，此時加上極性氫原子與電荷，準備對接。在Windows終端下運行Autodock 軟件，依次加載潔凈蛋白和能量優(yōu)化后的化合物（配體），用Autogrid 計算格點能量，采用拉馬克遺傳算法進行對接運算。各化合物與蛋白之間結(jié)合情況用自由能評價方法評價。

2 結(jié)果

2.1 逍遙散化學(xué)成分的篩選以及活性預(yù)測

通過TCMSP數(shù)據(jù)庫對逍遙散中8味中藥的ADME參數(shù)進行檢索，并以O(shè)B≥30%和DL≥0.18為指標，剔除沒有靶點的化學(xué)成分，篩選得到121個活性成分，其中白芍8個、白術(shù)2個、薄荷7個、柴胡11個、甘草84個、茯苓4個、當歸2個、生姜3個。

對逍遙散活性成分和現(xiàn)有的治療這3種疾病藥物的物理參數(shù)（MW、A Log P、BBB和Caco-2）進行PCA分析（圖1）。PCA散點圖顯示，逍遙散活性成分與現(xiàn)有的臨床上治療抑郁癥、乳腺增生和功能性消化不良的小分子藥物聚集在一起，表明逍遙散中的這些化合物的理化性質(zhì)與已知藥物相似，具有治療這3種疾病的潛在性能，有發(fā)展成為藥物的可能。

2.2 潛在靶點的預(yù)測和“單味藥-活性成分-共同靶點”網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建

通過TCMSP數(shù)據(jù)庫將化學(xué)成分所對應(yīng)的靶點進行搜集，共得到2 538個靶點，其中白芍123個、白術(shù)22個、薄荷124個、柴胡342個、甘草1 753個、茯苓30個、當歸69個、生姜75個。通過檢索GeneCard數(shù)據(jù)庫、TTD數(shù)據(jù)庫以及DrugBank數(shù)據(jù)庫一共得到抑郁癥靶點1 598個、乳腺增生疾病靶點844個、功能性消化不良靶點222個。其中逍遙散治療抑郁癥、乳腺增生和功能性消化不良的共有靶點有38個，分別是IL-4、PCNA、ACHE、BAX、BCL2、CASP3、CAT、CCL2、TP53、CDKN1A、CYP3A4、EGFR、HMOX1、INSR、ICAM1、IFNG、IL-1A、IL-1B、IL-10、IL-6、IL-8、MAPK1、MAPK14、MAPK3、NQO1、NOS2、NOS3、SERPINE1、PARP1、EGF、PTGS2、FOS、AKT1、SLC6A4、TGFB1、TNF、VCAM1和VEGFA。同時，構(gòu)建逍遙散治療抑郁癥、乳腺增生和功能性消化不良的“單味藥-活性成分-共同靶點”網(wǎng)絡(luò)圖（圖2）。

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